在后来二人朝夕相处的日子里，丘处机且不断以身边小事来劝诫成吉思汗。

有一次，成吉思汗打猎要射杀一只野猪时突然马失前蹄，可野猪却不敢扑向成吉思汗。事后，丘处机便入谏说:“上天有好生之德，陛下在圣寿已高，应该少出去打猎。坠马，正是上天告诫陛下。而野猪不敢靠近，是上天在保护着陛下。”

成吉思汗对此十分信服，告诉左右人说:“只要是神仙的劝告，以后都照做。”成吉思汗过桥时，桥一下子被雷劈断了。丘处机便说，这是上天在警告不孝顺父母的蒙古人。于是，成吉思汗就诏告国人，听从神仙的指示，要尽孝道。丘处机还多次劝导成吉思汗，治理天下之术以“敬天爱民”为本，应该体恤百姓疾苦，保护黎民生命。

公元1223年，丘处机师徒向成吉思汗辞行，从阿富汗向东返燕京，在丘处机回途中，成吉思汗一共给他发了四道圣旨，并赠给虎符玉牌，让丘处机道长的全真为掌管天下道教之教，并且免除了道院及道众的一切赋税差役。于是道侣云集，道教隆兴。从此，丘处机师徒定居在燕京之地。

其第三道圣旨和虎符玉牌内容如下:

宣差阿里鲜面奉

成吉思皇帝圣旨：

丘神仙奏知来底公事，是也煞好。我前时已有圣旨文字与你，来教你天下应有底出家善人都管着者。好底歹底，丘神仙你就便理会。只你识者。奉到如此。

癸未年九月二十四日

虎符玉牌内容：

西域化胡归顺，回至燕京，皇帝感劳，即赐虎符玉牌曰：真人到处，如朕亲临。丘神仙至汉地。凡朕所有之城池，其欲居者居之。掌管天下道门事务，仅听神仙处置，他人勿得干预。宫观差役尽行蠲免。所在官司，常切卫护。

丘处机回去之后，用成吉思汗给的玉牌救助很多受迫害的难民，收留了很多战争上遗留下来的百姓。