万历38年利玛窦在北京去世时，信徒发展到约2500人。利玛窦逝世后，龙华民继任在华的耶稣会会长。

龙华民号精华，万历25年抵达澳门，万历37年到北京。万历44年，信徒增加到逾万人。

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历史上，龙华民执掌教务后，禁止教徒祭天、祀祖、拜孔子，激起士人反对。

万历44年 5月，南京礼部右侍郎沈?上疏弹劾传教士。12月，万历皇帝发布驱逐传教士的诏书。

庞迪我、王丰肃、谢务禄、熊三拔被遣送至澳门，其他传教士则躲避在教徒家中，不敢公开活动，称为南京教案。耶稣教在中国的传播进入低谷。

金尼阁字四表，万历38年利玛窦逝世6个多月后抵达澳门。万历42年受龙华民特遣，返罗马觐见教皇。

万历46年4月，金尼阁携带7000余部欧洲图书等物品，率领22名传教士在里斯本登船，启程东渡。

万历47年7月抵达澳门。但仅有金尼阁、邓玉函、汤若望、罗雅谷、傅泛际等8人先后到达中国。金尼阁成为第一位重返欧洲又从那里率领大型传教团重来中国的传教士。

天启3年，金尼阁、邓玉函、汤若望、罗雅谷、傅泛际等人到达北京。

邓玉函作为伽利略的朋友，第一个把天文望远镜带进中国，着有《远西奇器图说》。

罗雅谷着有《测量全义》《五纬表》《黄赤正球》《筹算》《比例规解》《历引》等天文、数学、历法等方面的着作。

汤若望字道未，出生于万历20年，在中国生活47年，历经明清两朝。

汤若望天文、地理、火炮无不精通，他编制的《西洋新法历书》直到21世纪，还是中国编制农历的基础。编译有《远镜说》和《坤舆格致》，《坤舆格致》是欧洲采矿冶金技术的经典着作。