随着苏联与日本领土矛盾不断加深，从20世纪30年代中期开始，斯大林对外蒙古内政干涉，再次影响该地区的政治走向。

当时外蒙古领导层选择的政治走向跟E国的路线完全相悖。

斯大林就派工作组好言相劝，劝他们收手。

可这帮外蒙古的“革命者”好像是革上了瘾，俨然忘了自己是如何发家，直接以人民的名义拒绝了工作组的建议。

而E国与外蒙古领导层的分歧主要存在于如何对待喇嘛和寺庙。

斯大林认为，为了抵抗小鬼子的侵略，外蒙古增加军费、扩充军队。

但是此时寺庙已经掌握了外蒙古绝大部分的财产，甚至还有一些蒙古牧民听从寺庙的要求，不参加外蒙古军队。

斯大林匪夷所思，怎么能让一个寺庙比一个政府更有话语权，外蒙古牧民怎么能把应该上供的税赋捐给整天无所事事、蛊惑人心的喇嘛？

于是，斯大林建议当时的外蒙古的根登政权必须消灭喇嘛和寺庙。

1943年，斯大林与根登会晤的时候，非常愤怒，并且直言不讳：

“在你们国家形成了两个独立政权，一个是根登政权，另一个则是喇嘛政权，喇嘛政权更加强大。”

斯大林还主张在外蒙古成立内务部，专门解决寺庙和喇嘛的问题。

内务处倒是成立了，但是迟迟不动手，E国派到内务处的顾问无奈之下便离开了外蒙，临走之际向内务处负责人最后一次传达斯大林的建议：

即所有的喇嘛都是反革命者，在群众面前必须公开按照祖国叛徒进行惩罚，必须严厉打击喇嘛和寺庙。

根登对此极为不满，言下之意就是外蒙古是一个独立主权国家，你一个E国的顾问不过是来提提建议而已，还真把自己当成一盘菜了？

根登于是给斯大林写了一份信，交给了苏联顾问，信件主要表达了两观点：

一，不能暴力的对待寺庙和喇嘛，防止在外蒙古境内发生剧烈的冲突，而是要采取逐渐立法的方式，限制寺庙的发展。