叶向高曾上疏说：“当今天下酿成危害动乱的根源，大概有几种，但还不包括天灾人祸、寇匪强盗、物怪人妖，朝廷人才匮乏，是第一点；君臣之间闭塞隔阂，是第二点；官员们好胜喜欢争斗，是第三点；对金银财宝等钱财的横征暴敛，必有狂悖的事端出现，是第四点；道德风气一天比一天败坏，没有办法挽救，是第五点。假若陛下不奋然振作，选用一些老成持重的大臣，充实朝廷官署，将多年来废弛的政事一举革新的话，我担心国家的危亡，不在于外敌的侵略，而就在于朝廷内部啊。”言词极其恳切，神宗心知他的忠诚却不肯实行。
当初，叶向高进入内阁，陈奏选用人才、治理财政的计策，极力请求填补空缺的官职，罢免矿税。发现皇帝不能听从他的建议，于是陈奏君臣之间关系紧张的弊病，两次上疏乞求辞职，神宗不答应。叶向高自从成为唯一的宰相，就请求增加阁臣，神宗又不听。等到吏部尚书孙丕扬因为举荐贤能不被任用而请求离职，叶向高特地上疏请求留用他，神宗也不答复，叶向高于是称病不出。神宗多次下诏，才出来管理事务，不久又说：“我多次请求辞职，都承皇上恩典挽留。陛下不应当只关心我一个人的去留，而应当更关心国家的治乱。当今国家到处都是灾荒死亡，畿辅、中原、齐鲁的流民塞满了道路，加上内外空虚，人才都不能被任用。罪责不在别人身上，我怎能不辞职，况且陛下任用我，就应当实行我的建议。现在奏章不下发，重臣不补任，官员任免制度得不到实行，我微薄的忠诚不能报答皇帝，即使留任又有什么益处？陛下如果能采纳我的意见，而不只是让我徒占虚位，我的生命即使象朝露那样消失得快，我也三生有幸。”皇帝并不理会。
京师发大水，全国很多地方报告水旱灾害，叶向高又说：“从阁臣到九卿台省，官府衙门都空无其人，南京九卿也只有二人。国家的方面大吏，从去年秋天到现在，还不曾任用一个人。陛下什么事情都不管，国家长此下去，我担心一旦发生变故，将不可收拾啊。”皇帝还是不理会。
叶向高以历代帝王中，在位达四十年以上，从三代以来直到现在只有十人，规劝神宗大力推行新政，又请求选用人才，神宗也不答复。叶向高的意图得不到实行，每个月都要求辞职，神宗每次都降旨勉励挽留他，叶向高又说：“我的去留可以置之不理，但百官一定不能都让位子空着，台谏一定不能都废除了，各方的巡抚一定不能不让人代替。朝廷内外离心，宫城之内怨声载道，祸害无法预测，而陛下一定要与臣属隔绝，幕僚不能尽忠效力，六部的官员不能各负其责，整个国家没有一个可以信任的人，而自以为有神机妙算，我恐怕自古以来圣明的帝王没有用这种方法治理国家的。”
先前叶向高患病，内阁中却无人可用，于是叶向高在家中草拟奏章诏书达一月之久，后来叶向高卧床的时间更长，却仍像先前一样在家中拟旨。有人认为这不成体统，叶向高也自觉不妥，坚决乞求辞职，神宗却仍不任命其他人为宰相，而是派遣鸿胪官去安慰挽留他。等到皇帝过万寿节时，叶向高病愈，才出来理事。
此后，叶向高主持癸丑年的会试，官员的奏章都被送到考场上，成了一大奇事，皇帝考核选拔了科道官员七十多人，任命长时间不下达。叶向高几十次上疏恳切请求，结果过了两年任命才下达，言官增多之后，攻击也就纷纷出现。神宗心里很讨厌这样，就把奏章全都扣留而不下发。叶向高请求把他们交给有关部门，确定他们的去留，于是说：“大臣是小臣的纲领。当今六卿只有赵焕一人，而都御史十年没有补充新人，没有人来弹劾监督，人心怎么能安定呢？”皇帝只是责备言官胡说，而大官却一直不去补充，叶向高请求增加阁臣，奏章达一百多份。皇帝这才任用了方从哲、吴道南，叶向高上疏称谢，于是请求辞职，神宗下诏嘉奖叶向高却不同意他辞职。
这章没有结束，请点击下一页继续阅读！
皇太后驾崩，福王回到封国，叶向高乞求辞职更加频繁，奏章写了十几道，到了八月，神宗准许他辞职。叶向高入阁期间，因为三年的考绩优异，被提升为太子太保、文渊阁大学士，记录延绥的战功，加封少保兼太子太保，改任户部尚书，晋武英殿大学士；一品官三年期满，加封少傅兼太子太傅，改任吏部尚书，晋建极殿大学士。至此，神宗下令加封少师兼太子太师，赏赐白金百两，彩帛四件，表里大红坐蟒一件，派遣行人护送他回乡。
叶向高任内阁首辅期间，务求调剂各大臣的感情，安抚不同的意见，然而当时党论已十分兴盛，御史郑继芳极力攻击给事中王元翰，拥护他们二人的人分成两派互相争斗。叶向高请求将他们的奏疏下发，下诏令部院评定是非曲直，处罚议论颠倒的一、二人，来警告其他人，皇帝却不理睬。各大臣看到这样做并没有什么害处，就更加拉帮结派相互攻击。
不久，又争论李三才事件，于是形成了帮派的势力，无锡顾宪成在家闲居，在东林书院讲学，朝臣羡慕他，争相跟他交游。李三才被攻击，顾宪成写信给叶向高和尚书孙丕扬，辩白李三才的贤能。正逢京官考察，攻击李三才的刘国缙因为其它过错登记在考核的名册上，乔应甲也因为年例被派往外地，他们的同党大哗。叶向高从大局出发，秉公处理此事，考核官吏的大典才不受扰乱。但两派之间的争斗却愈演愈烈，到后来，齐、楚、浙三大派系不遗余力地攻击东林党。等到了王绍徽等撰写所谓《东林点将录》，让魏忠贤按姓名驱逐朝臣，因为叶向高曾保护东林党人，被点名为东林党党魁。