乾隆三十一年（1766 年），清廷派四川总督阿尔泰联合九家土司合攻大金川，小金川土司僧格桑却与大金川土司索诺木联合反清，阿尔泰调解无果。到乾隆三十五年（1770 年），大小金川冲突不断。乾隆三十六年（1771 年），清朝政府向金川进兵。

第二次金川之役开始。同年董天弼和阿尔泰被革职。次年，桂林率军攻击木城受挫，参将薛琮部被包围，桂林没有驰援，致参将薛琮以下三十余人阵亡。乾隆三十八年（1773 年），温福战死。

随后，乾隆派阿桂为定西将军，增兵金川。经过多次血战，清军于乾隆四十一年（1776 年）初取胜，历时五年、死伤逾万人、耗银七千万两的第二次金川之役至此结束。

大小金川地区的男子普遍勇猛，自小习武，12 岁以后的男子个个善武，擅长击刺之术，背二三十斤重物登山越岭如履平地，作战时以家庭为战斗单位，父子兄弟一起上阵，具有非常强大的凝聚力，一旦发动进攻都是一拥而上，绝不怕死，在战斗中常常能以十数人胜百人，让清军望风而逃。

当地修筑了大量坚固的碉楼，易守难攻。清军进攻时步步仰攻，殊为费力，而且越靠近对方越难以进攻。

虽然土地贫瘠，但大金川土司莎罗奔对内休养生息，开疆种地，有一定的经济基础来维持军事行动等。并且大小金川所在的嘉绒藏区东连成都，西连西藏，北连西宁、青海，南连云南、贵州，是西南经济的生命线，内地的粮食物资、藏区的茶马贸易等都需要经过此地区，在经济贸易上具有重要的战略地位。

清朝对土司地区的贸易往来进行严格的限制等政策，触及了土司的经济利益，在一定程度上激化了矛盾。土司们认为自身利益受损，对清朝的统治产生不满和反抗情绪。

大小金川土司随着自身实力的增强，野心不断膨胀，开始不断扩张领土，试图扩大自己的势力范围，不再满足于原有的统治格局，想要获取更大的权力和利益，逐渐脱离了朝廷的掌控。

嘉绒地区在历史演变过程中，形成了自己独特的文化和社会结构，土司在当地具有较高的威望和统治基础。长期以来的土司制度使得他们在地方上拥有较大的自主权，对中央政府的统治存在一定的抵触情绪，从心理上不愿意接受中央的过多干涉。

大小金川地区的土司为了获取更多的土地、人口和资源，不断进行势力扩张。大金川土司莎罗奔在乾隆十年（1745 年）袭击小金川，夺取了小金川土司泽旺的印信；乾隆十二年（1747 年），莎罗奔又出兵攻打革布什乃及明正土司等周边土司。这种频繁的武力扩张行为，严重破坏了当地的政治秩序，对清朝在西南地区的统治构成了直接威胁。

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土司在其辖区内拥有至高无上的权力，如同“土皇帝”一般，一切山川、河流、土地、牧场等都归其所有，对境内的农奴甚至有生杀予夺之权。这种高度的自治和独立性，使得土司们容易形成尾大不掉之势，逐渐脱离中央政府的管控。